主要有两种说法：
①，南宋灭亡后，一部分残存的南宋军队和遗民流亡海外，他们以抗蒙名将吕文德的儿子为主导，来到今天的吕宋岛上，建立了一个小国。因为是宋臣吕氏所建，所以取名吕宋。
②，南宋遗民在此岛建国，相对故国而言属于“旅居”，因怀念大宋，称呼此岛为“旅宋”，在后来的历史上以讹传讹被人称为了“吕宋”。
当然，“吕宋”和“旅宋”，可能都是根据读音拼写的，可能本来就是一回事，寓意是“旅居海外的宋民”之意。
古时，吕宋岛是个小国，称为吕宋。宋元以来，中国商船常到此贸易。《东西洋考》和《明史·外国列传》等均有专条记述。
明之吕宋有大吕宋和小吕宋之称：自1571-1898年吕宋岛为西班牙侵占，故《海录》译作小吕宋，而以大吕宋称呼西班牙统治的整个菲律宾。
