云南大学前身是1922年成立的私立东陆大学，1930年，改为省立东陆大学，1934年9月，改称省立云南大学，1938年，改为国立云南大学，1950年定名云南大学。1981年11月26日，经国务院批准，云南大学成为全国首批博士、硕士学位授予单位。
云南师范大学创建于1938年,其前身是由北大、清华和南开组建的国立西南联合大学师范学院。1946年西南联大复员北返后，联大师范学院留昆独立建校，定名为国立昆明师范学院。解放后定名为昆明师范学院。 1984年4月，经云南省人民政府批准，更名为云南师范大学。
昆明理工大学前身是创建于1954年的昆明工学院，1995年更名为昆明理工大学，1999年原昆明理工大学与原云南工业大学合并组建新的昆明理工大学，2004年云南省分析测试中心成建制并入昆明理工大学。
云南财经大学（云财大，Yunnan University of Finance and Economics） ，于1951年始建，坐落于云南省昆明市。
云南民族大学创建于1951年8月1日，前身是云南民族学院，是中华人民共和国最早成立的民族高等院校之一，2003年4月更名为云南民族大学。
云南农业大学历史可追溯到1907年创办的云南农业学堂，1938年国立云南大学农学院创办，建址昆明市呈贡县；1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭。1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。2004年，云南省建筑工程学校、云南省香料研究开发中心并入云南农业大学。2014年，云南热带作物职业学院并入云南农业大学。
昆明医科大学的前身是创建于1933年的东陆大学医学专修科，1956年独立建院，定名为昆明医学院，2012年经教育部批准更名为昆明医科大学。1981年成为全国首批硕士学位授予单位，1998年获准为博士学位授予单位。
