正所谓天妒英才、好人短命，林正英一生磨难，45岁时刚得一红颜知己，却最终因患上末期肝癌迅速离世，时为1997年11月。由于林正英一向为人低调,且不想因为患上绝症“博人同情”，所以得知自己患病后便向女友苑琼丹提出分手，纵然苑仔愿意不离不弃，但林正英却不愿连累她，遂自己搬出两人同居住所，独自搬到妹妹家养病。尽管林正英打拼影坛多年，但他真正熟络的也只有当年几个学戏的师兄弟董玮、孟海、尊龙，以及洪金宝等少数几人。
但即便他们也是从报纸上才得知林正英患病消息，当时尊龙正好在港，曾想去医院探望他，却被他拒绝，因为林正英自觉病相太过恐怖，连他的儿女都不肯见呢。林正英死后，并未用道教仪式发殡，而是用佛教仪式举行葬礼。
