《凰图腾》的结局是风萤因吃醉凝脂第三眼瞎了，彩蝶和段飞鸿离开了，风燕和皇上在一起了，最终当上了皇后，太后为皇上挡刀牺牲了。
2.皇上夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，然而却已经物是人非了。
3.风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现，皇上看到很吃惊。
4.风燕表示皇上放了自己走，却让自己明白心意有些不舍。
5.风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤，心疼了起来。
6.杜况找到了古籍发现了用羊玉脂洗涤可以降低醉凝脂的药效，风燕看到东西后知道了原来这一切都是彩蝶为了自己所做。
7.风燕给皇上表演舞蹈，而尚服云芝突然抽出了利剑想要害死皇上，太后急忙挡下中了剑倒在了皇上的怀里。
8.皇上看到为了自己所做一切的太后也不禁哭了起来。
9.太后逝去，风燕怀有了身孕诞下了太子
大结局：
风燕飞鸿彩蝶被皇上恩准了，出宫了。但是他们三个在竹筏上睡觉的时候风燕成全了飞鸿和彩蝶，在他们两人睡着的时候悄悄地走了，飞鸿眼看着风燕走了，怅然若失。风燕回到了皇上的身边，皇上很高兴，风燕最后成了皇后。
