《欢迎来到实力至上主义的教室》是「非试评价学校」类的作品。故事的舞台设置在名为「高度育成高等学校」的官办高中。这所学校采用封闭式教学，在校学生被统一派发名为「个人点数」的虚拟代币，这些代币既能用于日常生活，也能在学校规则允许的范围内作其他用途，比如购买分数。「个人点数」会在每个月根据「班级点数」来进行派发。简单来说，「班级点数」越多的班级，那么该班学生会得到的「个人点数」就会越多，自然也就能在校内过上越舒适的生活。上课考勤、考试成绩固然是派发「班级点数」重要依据，除此以外，该校还会不定期组织「特别考试」，特别考试的胜败也会大幅影响「班级点数」。当毕业时，班级点数排名第一的班级（ A 班 ），其学生将能得到自由选择大学、就业公司等的权利。这也是绝大部分学生的目标。
男主角綾小路清隆因为不可告人的目的考进了这所学校，并且在入学时故意隐藏自己的能力，让自己被分配到了 D 班。通常认为，A 班是最优秀学生的班级，也是最有希望在毕业时胜出的。而 D 班则是聚集各种缺陷学生的集团，那里的学生要么性格上有缺陷，要么极度偏科，总之或多或少、或深或浅，都有着不利于日后社会生活的缺点。
想着就在这样的班级中混到毕业的男主角却被名为堀北铃音的少女所吸引。
铃音一直生活在文武双全的哥哥的阴影底下，能力不被哥哥承认的她本来希望在学校大展身手，改变哥哥对自己的印象，但却出师不利被分到了 D 班。为了挽回失败，铃音决定要赚取足够的个人点数升到 A 班去。然而班级点数的机制使得个人单打独斗根本没有胜算，看破了綾小路伪装的鈴音决定借助他的力量，把一盘散沙的 D 班带到年级第一的位置上去，取代掉 A 班的位置。而同样觊觎着首位的 B 班和 C 班也在蠢蠢欲动 ……
