从花冠鉴别
花是鉴定牡丹品种最主要的依据，其特征主要集中于花冠。一般可分为：单瓣型，花瓣1至3轮，宽大，雄雌蕊正常，如‘黄花魁’;荷花型，花瓣4至5轮，宽大一致，开放时形似荷花，如‘似荷莲’;菊花型，花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如‘彩云’;蔷薇型，花瓣自然增多，自外向内明显变小，少部分瓣化，如‘大棕紫’;托桂型，外瓣明显，宽大且平展，雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型，如‘大胡红’;金环型，外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型，如‘姚黄’;皇冠型，外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，形如皇冠，如‘赵粉’;绣球型，雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型，如‘赤龙换彩’;楼子台阁型，由2朵或2朵以上楼子类单花上下重叠而成，如‘玉楼点翠’。
从花色上分
牡丹可分红、黄、绿、黑、白、紫、蓝、粉、复色九大色系，在每个色系里又分很多品种，这是最容易分别的。如‘胡红’一看就知道是红色，‘昆山夜光’是白色，‘黑花魁’是黑色，‘花二乔’和‘岛锦’有两种颜色，故为复色。
从香型上分
一般单瓣或层次少的香味浓，白色牡丹多香，紫色更重，黄蓝清香，“嗅其香便知其花”。
从叶片鉴别
牡丹是2回3出复叶。因品种不同，叶片呈现的形状、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如‘大胡红’叶大，圆而肥厚，叶面多平展。‘墨洒金’叶形大而长，但小叶狭长，质地薄，稀疏微下垂。‘豆绿’叶背有一层白绒毛。
从枝干辨别
通过株形和分株方式来区别牡丹品种。依株形可分为直立型、半展开型、展开型;依分株方式可分单枝型和丛枝型。
从芽上识别
不同牡丹品种，其芽形与芽色不同。‘二乔’的芽尖而圆;‘青龙卧墨池’的芽尖而带钩，好似鹰嘴;‘脂红’的芽为绿色。
从果实识别
结实力强，心皮呈开张轮状辐射排列的品种，多为单瓣和半重瓣品种，如‘似何莲’等。结实率低，果实簇生，多为重瓣品种，如‘首案红’、‘胡红’等。
从根分辨
根部可作区分牡丹品种的辅助手段。如‘樱落宝珠’无明显主根，多呈蓬松状;‘首案红’的根紫红色。之一。
1.从花上鉴别
花是鉴定品种的重要依据之一。
牡丹与其它花卉一样，其主要特征集中于花冠上，欲分辩品种先要看花冠。
2.从花型上分
牡丹分类三类十二型。即单瓣类、重瓣类、重台类。单瓣型、荷花型、菊花型、蔷薇型、托桂型、金环型、皇冠型、绣球型、菊花台阁型、蔷薇台阁型、皇冠台阁型、绣球台阁型。以下举例说明。
单瓣型：花瓣1―3轮，宽大，雄雌蕊正常。如“黄花魁”、“泼墨紫”、“凤丹”、“盘中取果”以及所有的野生牡丹种。
荷花型：花瓣4―5轮，宽大一致，开放时，形似荷花。如“红云飞片”、“似何莲”、“朱砂垒”。
菊花型：花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如“彩云”，“洛阳红”、“菱花晓翠”。
蔷薇型：花瓣自然增多，自外向显著逐渐变小，少部分雄蕊瓣化呈细碎花瓣;雌蕊稍瓣化或正常。如“紫金盘”、“露珠粉”、“大棕紫”。
托桂型：外瓣明显，宽大且平展;雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型。如“大胡红”、“鲁粉”、“蓝田玉”。
金环型：外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型。如“朱砂红”、“姚黄”、“首案红”。
皇冠型：外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，形如皇冠。如“大胡红”、“烟绒紫”、“赵粉”。
绣球型：雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型。如“赤龙换彩”、“银粉金鳞”、“胜丹炉”。
