食品经营许可证补办的网上申请流程一般如下：
1. 登录国家企业信用信息公示系统网站，（网址：http://www.gsxt.gov.cn），选择所在地区的企业信用信息公示网站。
2. 点击“食品安全监管”菜单，进入“食品安全监管管理系统”。
3. 进入“企业信息管理”模块，选择“食品经营许可证补办”功能。
4. 填写相关企业信息并上传相关证明材料，如原许可证、补办申请书等。
5. 系统进行信息审核后，生成申请编号，并提示收费标准。
6. 申请人根据提示进行缴费。
7. 支付成功后，进入“申请状态查询”模块，查询申请审核进度。
8. 审核通过后，系统生成新的食品经营许可证，并通知申请人到当地食品药品监管部门领取。
需要注意的是，具体的申请流程可能因地区和政策的不同而有所区别，建议申请人查询当地相关部门的官方网站或拨打咨询电话了解详细流程。
