秦琼最后的结局有三种：
其一正史中的结局，玄武门兵变后，秦琼身体每况愈下，最终在贞观十三年病故。
其二，隋唐演义中的结局，由于临潼关救驾，秦琼在唐受到很高礼遇，一直活到了武则天登基后，成为瓦岗四十六友中最后一个去世的名将，无论赏赐，还是名爵，都是顶级。
其三，说唐全传中的结局，说唐全传是说唐系列小说中流传最广的故事体系，其中三挡杨林，九战魏文通，打铜旗阵，对战尚师徒，最后官封护国并肩王，天下都督兵马大元帅，罗通扫北还有登场，征东时，与尉迟恭争夺帅印，举金狮力尽而亡。
玄武门兵变秦琼结局是被封为了唐国公。
秦琼的任务是阻止薛万彻和他的援军冲进玄武门，因为只要他们能够成功突破，政变就有可能失败。秦琼深知自己的重要性，他全力以赴地执行任务，毫不犹豫地与薛万彻展开了激烈的战斗
