建议不要全部剥出来，可以把剩下的部分继续留在壳中，然后应保鲜膜封起来，放进冰箱冷藏室保存，可以存放一周左右；有些人嫌麻烦也可将菠萝蜜的果肉一次性全部剥出来，然后用保鲜袋或保鲜盒装起来，放进冰箱冷藏室保存，若是想要保存时间更长，可放进冷冻室保存 。
一、外壳保存，菠萝蜜切开后，可以不用全部将果肉取出，可以吃多少取多少，然后剩下的部分就留在外壳上，菠萝蜜的外壳质地坚硬，可以预防脏物的浸染，这种方法适用于春冬季节，不适合夏秋季节。
二、低温保存，低温可以抑制微生物的污染，防止菠萝蜜腐败变质，因此可以将菠萝蜜果肉用密封盒装好后，放入冰箱中保存。
如果菠萝蜜果肉还未取出的话，大个的菠萝蜜只能置于常温中存放，一般可以存放半天到一天的时间。
若是菠萝蜜果肉已经取出，那么可以在冰箱中冷藏存放1-2天；置于冷冻室内可以存放一星期左右，只是解冻后，食用口感会比较偏软，降低了菠萝蜜的脆性。
