碳排放权交易机制的一个重要理论依据是科斯定理。科斯定理可以从两方面理解，一是在产权界定明确且可以自由交易的前提下，如果交易成本为零，无论最初产权属于谁都不影响资源配置效率，资源配置将达到最优；二是在存在交易成本即交易成本为正的情况下，不同的权利界定会带来不同效率的资源配置。
在实践中，完全满足科斯定理的条件是不存在的，交易费用不可能为零，但是科斯定理指明了碳排放权交易是以产权经济学基本原理为理论基础的。具体交易方式是由政府部门确定全国碳排放权总量，并在总量范围内将碳排放权分配给各个控排企业使用，各控排企业可以根据自己的实际情况决定是否进行转让或进入市场交易等操作，从而达到控制碳排放和实现经济效益的目标。在中国，虽然对碳排放权的产权性质仍未得到法律层面的定位，但是通过政府制定行政制度进行配额分配，仍然可发挥市场机制作用。
