赤井秀一是通过看到柯南使用工藤新一声音与小兰联系知道了柯南的身份。
在《工藤优作未解决事件》中，化妆为冲矢昴的赤井秀一看到小兰给新一打电话后柯南离开，对此一直有猜测的秀一就偷偷跟了过去，知道柯南在用新一的声音与小兰交流。因此秀一知道了柯南的身份。
赤井秀一明确知道柯南的身份是在《工藤优作未解决的事件》这一集中。
在此之前，赤井秀一就把柯南视为一个不寻常的孩子。在红与黑的碰撞系列中，赤井秀一假死并易容为冲矢昴住进工藤家中，在《工藤优作未解决的事件》中，赤井秀一暗中发现了柯南使用变声器以工藤新一的身份和小兰对话，由此确定了其身份。
