如果巧克力存放时间过长，就像油变得酸败了一样，会导致过氧化值增高。 过氧化值是反映食品中油脂氧化程度的指标，一旦超标会直接影响食品的品质，而如果出现了这种情况，往往要通过专业仪器设备才能检测出来，普通人从外表很难加以判断。 食用过氧化值超标的巧克力对人体会产生较大危害，比如导致肠胃不适、腹泻并损害肝脏等。一般来说，普通巧克力的保存期限为一年左右，但随着内容物的不同，时间会有所增减。尤其是添加鲜奶(或牛奶成分较高)、榛果类的巧克力产品，由于其中的不饱和酸含量高，果仁等很容易被空气氧化，也就相对缩短了巧克力的保存时间。 所以，鲜奶或果仁巧克力更要注意保存，否则容易变质。还有一种常见情况，有些巧克力，虽然没有过期，但表面出现了白霜，这多是由于保存不当造成的。如果储存环境潮湿，巧克力中的糖分容易被表面的水分所溶解，待水分蒸发后会留下糖晶。 即使巧克力是密封包装的，水分还是会从外包装的折叠或边角处渗透进去，使其表面被一层薄薄的呈灰白色的糖霜覆盖。另外，可可油晶粒会溶解渗透到巧克力表面再次结晶，导致巧克力出现反霜现象。
