一）形态和构造上的区别。银杏雌株的苗木表现为茎干矮壮，发芽早，落叶迟的特点；成年树叶片外缘缺刻浅，枝条开张，具层性，长枝比例小，树冠稀疏。雄株则相反。但是，这些细微差别也受到多种因子的影响，有时变得难于辨别，只因方法简便，故也可用作初步判断。日本学者阪本荣作在检查了大量银杏的雌雄株叶柄后发现，雌树叶柄下方维管束周围有油状空隙，而雄树叶柄则无此构造。所以，叶柄的构造，亦可用于判断银杏植株的性别。
（二）对化学药品的反应有区别。日本学者岩崎文雄，分别用重铬酸钾、硫酸铜、硫酸锌、氯化钾、2，2-二氯丙酸、2，4-D处理银杏叶，结果都是雌树叶子的反应明显。处理的具体方法是：剪取银杏枝条，先在清水中浸2天，取出后再插入0.03%的氯酸钾溶液中，先在黑暗中放两天，而后让其见光，注意不要在阳光下曝晒，并换上清水，一周后雌树枝条上的叶片先开始凋萎，再过几天，雄树枝条上叶片才开始凋萎。用药物处理判别银杏的雌雄性别，其原理是两者的酶系统有明显的区别，特别是过氧化氢酶的活性有明显的区别。雄树酶活性强，解毒作用也强，所以受害较迟较少。雌树则正好相反。由此可见，除了上述药物，如果使用其他氧化剂处理，有可能也能得到相似的结果。（三）酶活性和酶谱方面的差别。浙江丽水林校测定了雌雄银杏叶片过氧化氢酶的活性，发现雄株明显高于雌株，其活力相差1.4倍以上。
