低聚果糖和低聚乳糖都属于益生元，难以被肠道吸收，均可以被肠道中的双歧杆菌选择利用，但是二者的化学组成、生物功能、制备工艺、生活应用方面都有所不同。
1、化学组成：低聚果糖是果糖的一种，稳定性较强，但在酸性条件下加热易分解。低聚半乳糖是半乳糖和葡萄糖组成的杂低聚糖，对酸和热都稳定；
2、生物功能：低聚果糖是一种水溶性膳食纤维，可以被双歧杆菌、乳杆菌等有益菌选择利用，是高效双歧杆菌增殖因子。低聚半乳糖是肠内双歧杆菌的促进因子，可以促进钙、镁等矿物质的吸收，适量摄入低聚半乳糖还可以改善乳糖不耐受症，促进人体消化吸收；
3、制备工艺：低聚果糖主要通过从天然原料提取和酶法合成进行生产，而低聚半乳糖还可以通过化学合成进行生产；
4、生活应用：低聚果糖广泛应用于食品、保健品等行业，如润肠通便、排毒养颜、减肥美容等产品。低聚半乳糖耐热性好，目前被广泛用于糖果、糕点、面包、果酱等产品中。
