《潜伏》的结局出乎很多人的意料，按一般的故事套路，结局应该是余则成光荣完成任务，与翠平终成眷属，如果残忍一点，就让余则成完成人物后被发现英勇就义。这些结尾方式都是符合更多观众对剧情的期待的。然而，潜伏却给出了这样的结尾：余则成来到台湾，继续执行潜伏任务，与翠平分隔两岸。上级不告诉二人对方消息，让翠平隐藏身份，更要余则成与派过来做间谍的晚秋假结婚。最后，电视剧结束在这样的画面：余则成望着与晚秋的结婚照，眼前闪过翠平的影子，流下两行泪水。
这个结局着实令人意外，也引人深思。在我看来，这个结局实际上展现了此剧深层次上“潜伏”着的两种话语体系的裂隙——主旋律的集体话语与创作者的个人话语。
