区别很大。
第一，白马寺是中国第一座官办佛教寺院，由汉族大一统皇帝下旨、政府督办的。汉时国家有设设鸿胪寺待四方宾客，佛教传入中国的最初僧人也住在鸿胪寺，因为不是久住之地，所以国教有令建住所白马寺，仍然以寺来命名，这是中国有僧寺的开始。白马寺被称为释源、祖庭。
少林寺少林寺始建于495年，是胡人皇帝孝文帝在战乱分裂的状态下，为安置印度高僧跋陀尊者，敕建而成，是汉传佛教的禅宗祖庭。
第二，白马寺是文僧，以修行、坐禅、译经、讲经、说经、开光等活动为主，重在修心。
少林寺以舞枪弄棒、修炼武功、健身强体为主，有“天下武功在少林，少林武功甲天下”之说。
第三，白马寺在当时的首都附近，离皇宫一公里，皇帝经常光顾，与高僧谈经论道，是皇家寺院。
少林寺不在首都，在嵩山的少室山上，远离闹市，离皇宫五十五公里，是皇帝为印度高僧个人建的，属于敕建私家寺院。
