1、所在的属不同：南荻是禾本科荻属的植物。而芦苇是禾本科芦苇属的植物。
2、生长环境区别：南荻多生长在海拔60m以下的水边和较低的上坡上，水陆两生。而芦苇多生长在水中、沼泽地中以及水边。
1.科属不同
南荻，属禾本目，禾本科，荻属的多年生高大竹状草本。
芦苇，又叫苇、芦、芦芛、蒹葭，是禾本目，禾本科，芦苇属的多年水生或湿生的高大禾草。
2.形态特征不同
南荻，秆直立，深绿色或带紫色至褐色，有光泽，常被蜡粉，成熟后宿存，基部最粗，上部较细，节部膨大，秆环隆起，及其芽均无毛，叶鞘淡绿色，无毛，与其节间近等长，鞘节无毛;叶舌具绒毛，耳部被细毛;叶片带状，长90-98厘米，宽约4厘米，边缘锯齿较短，微粗糙，上面深绿色，中脉粗壮，白色，下面隆起，基部较宽。圆锥花序大型，颖果黑褐色，顶端具宿存的二叉状花柱基。花果期9-11月。
芦苇，秆直立，高1-3 米，直径1-4厘米，芦苇的叶鞘下部者短于而上部者，长于其节间；芦苇为圆锥花序大型着生稠密下垂的小穗；花药黄色。花期8—12月
