小餐饮登记证和卫生许可证是两个不同的概念，它们有以下区别：
性质不同：小餐饮登记证是对小型餐饮行业的注册登记，而卫生许可证是卫生行政部门对食品生产、食品销售、餐饮服务企业和公共场所的卫生条件进行审查并发放的许可证。
应用部门不同：小餐饮登记证由工商行政管理部门发放，而卫生许可证由卫生行政部门发放。
审批流程不同：小餐饮登记证的审批流程相对简单，一般需要提交相关申请材料、进行现场核查等程序，而卫生许可证的审批流程相对复杂，需要经过卫生部门的严格审查。
有效期限不同：小餐饮登记证的有效期限一般为两年，而卫生许可证的有效期限一般为一年。
需要注意的是，在某些地区，小餐饮登记证和卫生许可证可能已经合并为一张证书，即“食品经营许可证”，因此具体情况需根据当地相关规定而定。
