如果候补票成功后用户想要退票，就需要按照正常的退票手续费收取。具体而言，票面乘车站开车时间在15天以上的不收取退票手续费；48小时以上的按照票价的5%收取手续费；24小时以上的但不足48小时的申请退票，按照票价的10%计算手续费；不足24个小时的退票手续费，按照20%的费率收取。但是，如果候补票没有成功，用户主动终止或系统自动终止候补的话，系统会自动原额退还预付款，不会收取手续费。因此，是否需要扣除手续费取决于候补票是否成功。
候补成功的火车票退票也是需要收取手续费的，同样是距离开车不足24小时收取20%，不足48小时收取10%不足8天收取上5%。
