专项资金管理和使用问题形成的原因是多方面的，概括起来主要有以下几点：
(一)年度预算安排欠合理，审核申报专项经费预算不严。对于一些每年度均有预算安排的专项，一些部门在上报下年预算计划时，未考虑该专项当年结余情况，对申请的专项资金缺乏细致调研，多报多编，这就造成一方面一些部门专项资金大量结余，形成资金沉淀;另一方面一些专项资金又供给不足，影响项目建设进度。
(二)在资金管理上，缺少运行高效、机构精炼、权责清晰的管理体制。近几年高职院校经历了“跨越”式的发展之后，规模迅速膨胀，原有的管理体质已日益难以适用日益膨胀的各项事务。实行国库集中支付改革以来，专项资金项目管理对其的管理职能提出了新的内容和要求，同时财务部门承担了新的工作职能。而目前，财务部门在管理机构格局中，地位不高，服务功能、职能欠缺，这在宏观上很难起到保证预算独立，财务监督严格实行的作用。
(三)专项资金主管单位或项目负责人对待专项资金的观念和态度上，存在模糊认识，导致专项资金申报和使用比较随意。内部控制等机关制度尽管对专项资金管理和使用有一些规定，但对于一些细节仍然没有明确要求。
