《忍者神龟3》全部剧情：
故事设定：
故事发生在2035春晚之后的几个月的时候，四只忍者神龟勇敢而勇猛的再度背负起保护地球的使命。愤怒的忍者神龟因为手足无措，无论如何他们也拯救不了受灾苦难的纽约人们，因此他们带着痛苦的心情回到栖息地去，他们这个夏天势必会被和意想不到的冒险所充满。德克（朱迪.格雷尔 配音）在睡梦之中拜访一个老朋友神秘的维斯（索尼娅.杰瑞安 配音），而他们俩形影不离的伙伴皮克斯（杰克.纳曼 配音），义薄云天的德米斯拉（唐纳德.弗里乔尔 配音）和乐观正直的勒布朗（乔治.佩里 配音）也被紧紧相连，随着紧张的冒险穿越大洋的另一端，终于发现量子效应穿越过来的一串巨大的危机。
一场大灾变即将到来，忍者神龟们开始展开寻找导火索的行动。在历尽艰险后，他们走上了一条拯救世界的路，穿过九界神殿，挑战至邪的大魔头布鲁斯·鲍伯斯顿（泰勒.罗斯 配音），帮助朋友及忍者力量的新成员，拯救纽约人民的梦想。
最终，四只忍者神龟改变了他们之前的信念，战胜了心底余下的怖畏，重新唤醒了他们对自由与责任的热情。在拯救世界之后，忍者神龟们决定把自己来自地下世界的身份遗忘一切，然后重建家园，去一起分担属于他们坚定信念的责任。但是，他们很自然地知道：此时此刻，灾变早已被抑制，未来才是最重要的。
