区别如下：
一、指代不同
1、公主：是中国古代对皇女、王女、宗女的称号，简称为主，与公主对应的男性称号为王。
2、格格：格格清代皇族女儿的称号。
二、朝代不同
1、公主：中国古代各个朝代都有公主称呼。
2、格格：仅限于清朝皇族。
三、分类不同
1、公主：以郡县名如新城公主、馆陶公主、长乐公主、平原公主；以国名，如宁国公主，霍国公主、岐国公主、陈国公主等；以美名，如太平公主、文成公主、药茶公主、宁定公主等。
2、格格：清朝的公主也分为两种，一种是固伦公主，一种是和硕公主。固伦在满语中是“天下”的意思，一般只有皇后所生的女儿才能封为固伦公主，是清朝公主的最高等级；和硕在满语中是“地方”的意思，一般是妃嫔所生的女儿或者由中宫抚养的宗室之女被封为和硕公主，等级比固伦公主低。
