2012取得函授大专 但学历档案一直在自己手里（函授大专和高中档案都在自己手上）

自己保存好吧。如果你是在事业单位或者国企，你可以放到单位人事部门去，他们会帮你归档的；要是在私企还是自己保存吧。或者你也可以试着放到人才中心去，具体怎么放就不知道了。