1、采用生物控制。放养工具鱼虾。
工具鱼，建议养几条黑毛藻清理能手：黑线飞狐，或者大胡子、小精灵等。
除藻虾：大和藻虾、黑壳虾、樱花虾等。
食藻螺：洋葱螺、斑马螺、角螺等。
2、物理控制。减少光照、减少肥料添加、勤换水、用软毛牙刷轻刷。
3、化学控制。采用专门的的除藻剂，但是需要严格控制分量，而且对部分水草有伤害。或者可以使用戊二荃，2%浓度定点用注射器喷洒，一样需要严格控制剂量，同时最好进行增氧。因为戊二荃会造成水中溶氧的大幅降低。化学药剂控制藻类的同时，往往会波及硝化系统，所以需要慎重。
建议采用生物控制+物理控制，化学药剂非到不得以尽量不要采用。
