八旗根子上就是卫所，从最初的编制就可以看出来一旗掌握的军户相当于一个卫，参领相当于千户，佐领相当于百户。但八旗和卫所的区别在于:旗主和旗人是主奴关系；旗人的待遇要比明朝军户高，出征的话家里有奴隶（包衣）种田，战利品分享也更多。
卫所军队都有固定的戍所。卫所由朝廷根据各地的防卫、战略需要而设置，或数府一卫，或一府数卫，或一府、一州一个千户所，视各地战略地位之重要与否而定，固定驻屯戍守。
八旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。入关以后，建立了八旗常备兵制和兵饷制度，八旗兵从而成了职业兵。
