在《名侦探柯南》中，黑衣组织的出场集数非常多，以下是一些例子：
- "云霄飞车杀人事件"
- "电玩公司杀人事件"
- "浪花连续杀人事件"
- "黑衣组织十亿元抢劫事件"（部分情节为动画原创）
- "来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件"
- "与黑衣组织的再会（灰原篇）"
- "与黑衣组织的再会（柯南篇）"
- "与黑衣组织的再会（解决篇）"
- "神秘的乘客（前篇）"
- "神秘的乘客（后篇）"
- "急忙掩饰的忽略（前篇）"
- "急忙掩饰的忽略（后篇）"
- "工藤新一纽约事件（事件篇）"
- "工藤新一纽约事件（解决篇）"
- "光彦森林迷失记（前篇）"
- "光彦森林迷失记（后篇）"
- "遗留的无声证言（前篇）"
- "遗留的无声证言（后篇）"
- "与黑衣组织的接触（交涉篇）"
- "与黑衣组织的接触（追迹篇）"
- "与黑衣组织的接触（决死篇）"
- "四辆保时捷（前篇）"
- "四辆保时捷（后篇）"
- "厕所里隐藏的秘密（前篇）"
- "厕所里隐藏的秘密（后篇）"
- "与黑衣组织的直面对决满月之夜的双重谜案" 等等。
