一、将金刚菩提用凉白开或矿泉水浸泡30-50分钟，如此使金刚菩提表面残存的果皮、果肉软化。注意不要使用热水，水温与室温差别太高，会对金刚菩提造成不可逆的伤害。与此同时，自来水也是不能用的，一些地域的自来水含碱量很高，与金刚菩提接触会让它返碱更剧烈！
二、浸泡时间足够以后，可以清理金刚菩提了。所需要的工具是钢丝刷、猪鬃毛刷还有挑针。用钢丝刷效果快，但对一些大的金刚菩提来说太过于“暴力”，金刚菩提表面的许多细小的齿很容易就会被刷掉，这时候就得用猪鬃毛刷来刷，但如果是小的金刚菩提，直接使用钢丝刷会大大提高你的效率。当然，无论是大金刚、小金刚，刷的时候要照顾到每个角度，不要刷得太用力，否则就很容易断齿。
三、经过上面最初的清理，用干净的水将金刚菩提清洗干净，然后用干毛巾或吸水纸来滤掉它多余的水分，最后把它放在阴凉、干燥、无风的地方晾干，一般晾干的时间是二至三天。但大家都要注意，湿刷后金刚菩提会出现一定程度的反碱现象，不用担心，这个可以通过多刷来去除。
四、最后就是用挑针做深度的清洁了，把金刚菩提纹路上深处的一部分纤维挑出来，挑的时候注意胆大心细，如果不小心的话容易伤到金刚菩提本身。
