二乔牡丹花之所以是双色的，是由于其体细胞内染色体的杂合现象所致。在花的发育过程中，由于不同基因座之间的遗传作用和表现方式不同，可能导致开花部位的颜色不统一。
二乔牡丹花是由两个不同基因座控制的颜色基因组成，其中一个基因座负责产生红色素分子，另一个基因座负责产生黄色素分子。由于这两种色素分子的量和分布位置的不同，使得二乔牡丹花的花瓣呈现出双色的效果，通常形成一个深色的花心和浅色的花瓣边缘的分界线。
总的来说，二乔牡丹花能够呈现出双色的美丽效果，正是基因杂合现象给予了它多元、丰富和独特的遗传特征。
二乔双色扇形嵌合体，深红与浅红，理论上可以通过嫁接等营养方式遗传，是否发生异色存在一定概率（同株可以同色、可以有异色花，一部分为嵌合体），如果基因表达的改变发生在花原基发育期，就会形成嵌合体，即为双色花。
