腐竹发霉往往是由于暴露在空气里，因此，只是暴露部分发霉.对于这样的情况，可以把发霉的部分撕去扔掉，留下不发霉的部分.
遇上晴好天气，发霉程度不是很严重的腐竹可以放阳光下暴晒.晒过后，发霉十分轻微的腐竹可以继续密封存放，食用前再进行水煮或是水洗处理;发霉稍多的腐竹，可以用软毛刷刮掉霉斑，拍掉霉变物，接着再进行其他除菌处理.
很多家庭喜欢对霉变的食物进行沸水浴杀菌处理，但事实上霉菌毒素的分解温度在100摄氏度以上，腐竹具有一定的吸水性，沸水煮的过程中，有部分霉菌毒素吸附在了腐竹上，因此，沸水浴并不能有效去除腐竹上的大部分霉菌毒素.建议用碱水浸泡的方法除去霉菌毒素，一般家庭发面用的面碱即可，调成温热碱水，浸泡十分钟左右，然后捞出来用清水泡洗干净，即可进行烹饪了.
腐竹含有很多蛋白质和一些油脂，霉变后会产生大量对人体有害的细菌尤其是黄曲霉菌，绝不可食用了，可以发酵后制成肥料。
