一、概念范围不同
同等学力申硕：是在职研究生的一种报考方式。
在职研究生：是国家计划内，以在职人员的身份，部分时间在职工作，部分时间在校学习的一种研究生教育类型，除了同等学力，还有专业硕士、中外合办、高级研修班三种报考方式。
二、入学情况不同
同等学力申硕：此方式是符合条件的学员，通过院校资格审核可免试入学，先学习课程再参加国家统一的申硕考试。
在职研究生：有免试入学的也有考试入学的。其中专业硕士方式需要依次通过国家统一初试及院校复试，被院校择优录取后才能入学。中外合办、高级研修班均为申请审核制入学，入学不需要参加统考。
三、获证情况不同
同等学力申硕：学员申硕考试成绩及格，并且论文答辩成功，可获得国家承认的硕士学位证书，属于单证形式。
在职研究生：有获得单证的也有获得双证的。专业硕士方式毕业可获得国家承认的研究生学历和硕士学位双证书，中外合办毕业可获得国内院校的结业证和国外院校的硕士学位证，高级研修班毕业可获得结业证
在职研究生和同等学历的硕士有明显的区别，在职研究生指的是已经工作的人读取的研究生，他们获得的毕业证书与其他人相比是完全不同的，而同等学历的硕士则是以专科生身份攻读的，他们所获得的证书与正常入学的研究生是相同的。
