首先树种不同
作为红茶鼻祖，正山小种主流是中小叶种，主要是菜茶，占据了桐木关所有茶树品种的90%左右，属于灌木型茶树，植株矮小，树枝茂密，没有明显主干。芽叶短小，茸毛较少，茶多酚较少，氨基酸含量较高。制成的茶品通常滋味没那么浓郁，不过更清甜。
滇红是大叶种茶叶，属于乔木型茶树，有独立的主干，挺拔高大。芽壮叶肥，茸毛茂密，所含的茶多酚、咖啡碱较多，氨基酸含量较低，茶汤滋味比较浓。
祁红品种仍以群体品种为主，有八个类型，即槠叶种、柳叶种、栗漆种、紫芽种、迟芽种、大柳叶种、大叶种和早芽种。其中以槠叶种所占比率最大，占群体的８１．１％槠叶种，是适制祁门红茶的当家茶树品种，其内含香、味成分丰富，是构成优质祁红成茶品质的重要基础。祁红与印度大吉岭红茶、斯里兰卡乌瓦红茶，并称为“世界三大高香红茶”。
制作工艺差别不大
鲜叶→萎凋→揉捻→发酵→干燥
传统烟小种比其他红茶多一道过红锅的工序，且正山小种是在青楼之中制成。
口感的差异
小种红茶的树种和生长环境决定了叶中香气物质少于滇红，但过红锅和熏焙可以激发香气，所以传统的小种红茶香高而长，带松烟香，味道醇厚，带有桂圆香味。现代工艺少了烟熏的流程，使得小种红茶的味道更加清爽自然。 三款红茶中，正山小种最显清甜。
滇红制作工艺比小种红茶简单，茶叶的细胞壁破坏较少，茶质保留较多，使得其茶汤的滋味更浓烈，更加耐泡。
祁红的香气，似花，似蜜，似果，有蜜糖香。祁红的香气组分中，有浓郁的玫瑰花香的香叶醇含量特别高，所以花香浓郁；而具有鲜爽的铃兰香、清新而略带柑橘花香木味的芳樟醇，以及显果香的苯甲醇等成分让祁红的香气更加饱满优雅，从而造就了传世高香——“祁门香”。
滇红最容易分辨，它以云南大叶种为原料，经熏萎凋、揉捻、发酵、干燥而成。芽茶芽头长、壮，满披金毫；大宗茶，条形粗壮，总之滇红大叶种突出一个“大”字，香气具有特殊的类似薄荷香，特别明显。
滇红的产地主要集中在云南省南部的临沧、保山地区和西双版纳傣族自治州。
