合肥南站现有1号线、4号线、5号线一共3条线路。1号线是南北方向，北边可通合肥火车站。4号线已于2021年底通车，可通达政务区、高新区。5号线目前只开通了南段，可通往滨湖新区，如省政府、渡江战役纪念馆等。总体来说，在合肥南站乘坐地铁比较方便，可通达合肥市的主要地方。
合肥南站为1号线、4号线、5号线换乘枢纽站。现有2条地铁线路可到达（1号线和5号线南段），1条地铁（4号线）正在修建。合肥南站规划在高铁出站层设置有3个出入口，在北广场设置有2个出入口进入地铁车站。 其中，地铁1、5号线为平行换乘。等到4号线建成，将开通北广场的2个地铁出入口，进一步方便市民在高铁南站换乘出行。
