二者的主要区别如下：
第一、 形态特征不同：其中石花菜扁平直立，丛生成羽状分枝，小枝对生或互生，各分枝末端急尖，一般高10-30厘米，单轴型，皮层细胞间具有许多根样丝，四分孢子囊由末枝形成，呈十字型分裂；而龙须菜则是直立草本，高可达1米，根细长，茎上部和分枝具纵稜，分枝有时有极狭的翅，叶状枝，窄条形，镰刀状，基部近锐三棱形，上部扁平，鳞片状叶近披针形，基部无刺。
第二、 颜色不一样：其中石花菜颜色有紫红、深红或绛紫色，在受光多的海区生长的往往呈淡黄色；而龙须菜的花腋生，黄绿色，花梗很短，雄花和雌花等大，浆果熟时红色。
龙须菜和石花菜在形态特征不同、生长环境不同、用途不同。
1、形态特征不同：龙须菜直立草本，高可达1米，根细长，茎上部和分枝具纵稜，分枝有时有极狭的翅，石花菜扁平直立，丛生成羽状分枝，小枝对生或互生，各分枝末端急尖，一般高10至30厘米；
2、生长环境不同：龙须菜生长在海拔400至2300米的草坡或林下，石花菜生长在海里的珊瑚礁上，喜欢生长在水质清净、潮流通畅、盐度较高的海域；
3、用途不同：龙须菜可以做成工业原料，石花菜可以拌凉菜，也可以制成凉粉，还是提炼琼脂的主要原料。
龙须菜是百合科、天门冬属的直立草本植物，主要分布在中国黑龙江、吉林、辽宁、河北、河南、山东、山西、陕西和甘肃，也分布于日本、朝鲜等地区。
石花菜是石花菜科、石花菜属的藻类，颜色有紫红色、深红色或绛紫色，在受光多的海区生长的往往呈淡黄色，属于世界性的红藻，在太平洋沿岸的美国、墨西哥、智利、日本和朝鲜等都有分布，中国沿海石花菜资源也很丰富，北起辽东半岛南至台湾沿岸都有分布，分布范围广泛。
