水质清澈剂对硝化菌没有伤害。水质清澈剂和硝化菌是两种效果不同的试剂。水质清澈剂的主要作用是可以将水中的杂质凝结成小的颗粒，然后通过过滤循环系统排出水体，而消化菌的主要作用是给水中添加硝化细菌，使水体更快的建立循环系统，两者的使用方法不同，也不会互相有影响。
鱼缸净水剂不会杀死硝化细菌。这种物质一般是和水中的杂质发生反应，从而改善水体状况，并不会影响硝化细菌。对硝化细菌危害最大的就是消毒剂，因此平时不要频繁杀菌，不然也会将其消灭。另外，还要控制一些光照，少用紫外线灯进行照射，不然也会破坏硝化系统。
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