二者本质区别在于学制，即学年课程分配。
五四制优点在于能够给学生一个缓冲期，更有助于学生学习习惯的养成，将三年的压力分到四年。
六三制优点在于学生可以多玩一年，但学业压力更大
从当前稍微有一点名气的初中学校来说，都有会五四制学生。从个人的体会和认知层面来说，五四制和六三制主要有以下几个方面的区别：
第一层面：从小升初升学层面来说，五四制中的六年级学生也被成为“直升年级”，是可以直接升入就读初中学校，而六三制的学生则需要通过摇号的方式获取相对于的学校学位。
第二层面：从生源情况层面来说，五四制中的六年级学生学业和综合能力总体偏强和较为均衡，这种形式是学校生源获取和保障的一种手段。而六三制的学生层次差异较为明显。
第三层面：从学业进度层面来说，五四制中的学生会提前适应初中的教学方式和上课的形式，也会提交接触初中教学内容，从而减缓学业负担和压力。而六三制的学生则继续保持教学内容不变。
