相传南宋淳熙年间（1174—1189）僧永寿建。
至明天顺、成化年间（1457—1487），已形成完整的寺院格局，共有殿堂三进，僧人30多人。
据明碑《庙桥崇福兰若源流志铭》记载，当时香火较盛。
至清代，崇福寺已成为常熟南乡佛教活动中心。
据寺内保存之公告类清代石碑（1886）已有规定，在庙会期间，严禁赌博，严禁地痞之流扰乱百姓生活，影响生产等。
1938年，该寺被日军烧毁大部。
抗战胜利后，民间集资重建，规模较前大为缩小。
上世纪50年代，寺院房屋改为大队办公室。
1958年拆除部分殿堂，并砍伐两棵约一米直径的银杏树，为翻建农业中学作为用材，1983年拆除最后一幢殿堂，翻建为纸箱厂。
