柠檬的修剪在一年四季都可以进行，但要以冬春修剪为主，夏秋季修剪为辅。在冬春季可以选择疏剪和回缩相结合的修剪方法，来年可以加大修剪量。这时主要修剪植株上老化、枯萎、残缺的叶子和枝条。而夏秋季时的修剪，需要做好摘心工作，这样才能控制植株的生长高度。除此之外，也要把枝干上没有叶子的侧枝剪掉。
春季3月份，春季温度回升后柠檬树就开始萌发，会长出大量新的枝叶，此时主要是针对新枝叶、新梢进行修剪的。
若是枝条上萌发的新芽点过多需要适当修剪，这样才可促使分枝生长，株形才会变得更丰满，为后期开花、结果、丰产打下基础。
注意，修剪的伤口必须要保证平整，且要选晴天的时候进行修剪，这样伤口愈合的更快，柠檬树恢复的更快。
