1、外观不同，首先来说就是公海马的身上是有着很突出的一个育籽囊，这个育籽囊就是从公海马的腹部开始，然后就是会一直延伸到公海马的尾巴的地方。但是对于母海马来说，就是没有这个公海马所具有的育籽囊，而这恰恰也是公母海马之间的一个非常重要的区别。
2、繁殖方式不同，公海马的尾部的腹面是有着一个育儿囊的，这个育儿囊也就是在海马的第一次生殖到来的时候，就是由着尾部的腹部左右伸出的皮招结合而成的，而且它这里仅仅是留下了一个末端的小孔存在。但是母海马的腔末端会随着产卵期中的膨大，逐渐的形成了一些生殖乳突。
3、体型上的不同，公海马普遍来说个头较大，体型较为宽广，而母海马就是相对体型较小，与公海马想比身高要矮很多，另外，公海马的嘴巴是呈现出尖状的管形，是不能够完全闭合的，但是母海马的嘴型不是尖状的管形，闭合起来也是比较的容易。
公海马和母海马的主要区别在于繁殖方式上。
公海马会将卵产在雄性海马雌器官内，然后由雄性海马孵化出卵状体并孕育出幼马海马。
而母海马则将卵产在雄性海马的育儿袋中，然后由雄性海马完成孵化过程。
这种独特的繁殖方式是海马族群的一个显著特征，也是其受到威胁的原因之一。
