牛奶结块有三种原因：酶作用、低温、变质。
1，酶作用纯牛奶由于没有经过加热、酶钝化等手段处理，在牛奶中还含有一定量的酶类，尽管它们的数量很少，但在存放过程中也会慢慢使牛奶中蛋白质变性，出现结块现象。
2，低温蛋白质在高温、低温、酸性以及碱性等各个环境中都会出现蛋白质变性，很多人为了保存牛奶，将纯牛奶放在冰箱中保鲜，但也有部分放在冰冻层中，这种低温也会引起纯牛奶结块。
3，变质所有的牛奶都含有丰富的营养成分和水分，是完美的菌类培养基，并且也存在一定的保质期，在存放过程中若是被污染，很容易出现牛奶变质，结块、变酸、变色等都是牛奶变质的标志。牛奶经过高温灭菌、酶钝化、失活等处理是运输的前提，但这种纯牛奶也有结块的现象，主要是在孕妇、储存过程中受到了撞击、高温的环境刺激，钝化的酶恢复了一定的活性，使蛋白质变性，出现结块现象。
