菌丝一般分为两类：
一为无隔菌丝，即菌丝没有横隔壁，可视为一个单细胞，具有多个细胞核，如低等真菌中的根霉、毛霉、水霉等的菌丝。
另一类是有隔菌丝，即菌丝具很多横隔壁，将其分隔成多个细胞，每个细胞中有1个、2个或多个细胞核。如高等真菌中的青霉、曲霉、蘑菇等的菌丝。
放线菌或真菌组成其菌丝体的基本单位。放线菌的菌丝细胞纤细、无隔、分枝。真菌的菌丝较粗、有分枝，其中少数无隔、多核，如鞭毛菌亚门和接合菌亚门的低等真菌；多数有隔、单核或少核，如子囊菌亚门、半知菌亚门和担子菌亚门的高等真菌。
菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称营养菌丝，有的种类还可分化成假根、吸器等构造；伸展在空间的菌丝称气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的孢子丝或真菌中的子实体。菌丝具有无性繁殖功能，可用于接种、扩大。
