不是全部瓦岗寨归顺唐朝，还有一部分没有归顺唐朝，如郑颋被部下所杀，举城投降王世充；邴元真、单雄信等均向王世充投降；王伯当退守河阳。
瓦岗军被王世充击溃，李密率残部投唐。当年瓦岗军的战将秦叔宝、徐懋功、罗士信、程咬金等也都先后降唐。隋大业七年（公元611年），翟让聚众瓦岗寨，即今河南滑县南，举起反隋义旗，到武德元年（公元618年），李密率部投唐，前后9年，在中原大地活跃着一支矛头直指隋廷的农民武装力量，这就是翟让和李密领导的瓦岗起义军。瓦岗军是隋末农民起义中举义较早、发展最快、势力最强大的三大义军之一。大业十三年（617年）五月，太原留守、唐国公李渊在晋阳以尊隋为名起兵，一路势如破竹，十一月占领长安，拥立代王杨侑为帝，改元义宁，即隋恭帝。李渊自任大丞相，进封唐王。义宁二年（618年）三月，隋炀帝死，五月，杨侑禅位于李渊，李渊称帝，定国号为“唐”，改元武德，仍定都长安，建立唐朝，隋朝灭亡。
