主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、瓢甲科
昆虫纲、鞘翅目、多食亚目、扁甲总科 。
2、叶甲科
昆虫纲、鞘翅目、多食亚目、叶甲总科。
二、形态特征不同
1、瓢甲科
此类昆虫通称“瓢虫”。多为红、褐、黄、白、黑色等，常具鲜艳色斑。头小，后部嵌于前胸。触角一般11节，锤状。跗节隐4节。腹部可见5或6节腹板。幼虫行动活泼，蛃型，腹部末端尖削，体上生有很多带有刺毛的突起或分枝的毛状棘，有的附有白色蜡粉。
2、叶甲科
叶甲科昆虫的成虫多有艳丽的金属光泽。跗节为假4节型，实际5节，其第4节极小，隐藏于第3节的两叶中。头型为亚前口式，唇基不与额愈合，前部明显分出前唇基，其前缘平直。前足基节窝横形或锥形突出，基节窝关闭或开放。成虫鞘翅一般盖及腹端，后翅发达，有一定飞翔能力。
三、生活习性不同
1、瓢甲科
肉食性种类的成虫和幼虫主要捕食蚜虫、介壳虫、粉虱、螨类等害虫，是一类重要的天敌昆虫，如七星瓢虫、黑缘红瓢虫、异色瓢虫等。植食性的种类，如茄十一星瓢虫、茄二十八星瓢虫等，属一类重要农业害虫。
2、叶甲科
该科成虫和幼虫均为植食性，取食植物的根、茎、叶、花等。许多种类对农作物、蔬菜、林木、果树、牧草造成严重危害，叶甲科昆虫的寄主植物以被子植物为主，裸子植物极少。
