内蒙古自治区的主要海关有满洲里海关，二连浩特海关。
内蒙古自治区位于我国的西北边疆与俄罗斯和蒙古国接壤，在漫长的国境线上，有很多大大小小的海关，其中，规模最大也比较著名的是满洲里海关和二连浩特海关。满洲里海关位于中俄边境，是我国最大的陆路口岸，承担着绝大多数中俄过境贸易。二连浩特海关位于中蒙边境，是我国与蒙古国之间最大的陆路口岸。此外，内蒙古还有室韦口岸，黑山头口岸等规模较小的口岸。
内蒙古有两个海关，满洲里海关是全国唯一一个设在县级市的海关。满洲里地处中俄蒙古三国交界处，得天独厚的地理位置赋予了它独特的战略价值，2004年升格为正厅级海关。满洲里海关关区面积45万平方公里，辖区内边境线长1819公里，关区业务管辖范围为内蒙古的呼伦贝尔市、兴安盟、通辽市和赤峰市四个盟市。
