哈尔滨工程大学设有船海核学院、航天学院、动力学院、自动化学院、水声学院、计算机学院、软件学院、国家保密学院、机自学院、信息学院、经管学院、材料学院、理学院、人文学院、国际教育学院、继续教育学院、国防教育学院、马克思主义学院等。
船舶工程学院(水下机器人国防科技重点实验室)动力与能源工程学院水声工程学院(水声技术国防科技重点实验室)
机电工程学院经济管理学院数学科学学院
外语系马克思主义学院体育部
航天与建筑工程学院自动化学院计算机科学与技术学院、
国家保密学院、软件学院信息与通信工程学院材料科学与化学工程学院
物理与光电工程学院人文社会科学学院核科学与技术学院
