农村改厕所属于农村卫生部门管。
因为农村改厕所主要是为了改善农村卫生状况，减少疾病传播，属于卫生问题。
农村卫生部门是负责农村卫生健康工作的主管单位，其中包括农村卫生设施建设与管理。
除了农村卫生部门，也有可能由其他部门负责，如农村建设部门、环保部门等，具体情况需根据当地政策及实际情况确定。
同时，政府也鼓励社会力量参与农村厕所改造，相关社会团体也可以参与其中。
各级农业农村局负责农村厕所改造。农村厕所改造是乡村振兴的战略部署，是改善农村环境，改变农村面貌，提高农民生活福祉和环境的重要举措。
宜昌市夷陵区农业农村局2021年就投资257.3万元，建成农村无公害厕所3211座，农村公厕15座。农村已有42313个农村户改厕享受财政补助。
所以说，农村厕所改造归农业农村局管。
