主要区别如下：
1、产地不同，普通醋分布全国各地都有产地，保宁醋是四川省的地方传统名优特产。
2、原料不同
普通醋主要以糯米，小麦，高粱，玉米，麸皮，大米作为原料酿制；
保宁醋以麸皮、小麦、大米、糯米为原料，用砂仁、麦芽、山楂、独活、肉桂、当归、乌梅、杏仁等多味中药材制曲，用流经城南一段的嘉陵江中流冬水酿制而成。
3、特点不同
普通醋的特点是：色泽深红，酸香浓郁，健脾开胃；
保宁醋色泽棕红、酸味柔和、酸香浓郁，具有良好的杀菌作用。
保宁醋最大的特点是唯一的药曲醋。
色泽棕红、酸味柔和、酸香浓郁，具有杀菌、防感冒、开胃健脾、清心益肺、降血压、增食欲的功效，有“离开保宁醋，川菜无客顾”保宁醋之说。
保宁醋不仅是调味佳品，而且含有十八种人体必须的氨基酸，多种维生素和有益于健康的锌、铜、铁、磷、钾等十多种微量元素，具有开胃健脾、增进食欲、平血压、抗病抑癌之功能。
有防癌抑病的功能，保宁醋厂区附近数十年来无一人患癌症。
