系统科学把这种整体才具有，孤立部分及其总合不具有的性质称为整体涌现性（whole Emergence）涌现性就是组成成分按照系统结构方式相互作用、相互补充相互制约而激发出来，是一种组分之间的相干效应，即结构效应。
不同的结构方式，不同的相互激发产生不同的整体涌现性。整体涌现性的产生不是单一的，是规模效应和结构效应共同的结果。比如分子作用力、氢键以及疏水作用力相对于原子来说就是整体涌现。只有原子形成了分子才可能具有这些特性，原子不形成分子或者大分子，简单的混合是不会具有这种层次的特性。
涌现性又可理解为非还原性或非加和性，但任何整体都具有加和性，比如质量。系统性是加和性与非加和性的统一，都是整体属性；但整体性、系统性并不一定是涌现性。涌现性是系统非加和的属性，“整体大于部分之和”与“整体小于部分之和”这样的整体与部分差值就是涌现。
系统科学就是关于整体涌现性的科学理论，探索整体涌现发生的条件、机制、规律以及如何利用。
