原核细胞和真核细胞的根本区别：
第一：原核细胞无核膜包被的细胞核，而真核生物具有核膜包被的细胞核。
第二：这种区别里也包含着共性，如尽管原核生物无核膜，但有拟核，两者都有遗传物质DNA。
第三：是否有核膜包被的细胞核包含着共性。
许多细菌的最外表还覆盖着一层多糖类物质，其中边界明显的称为荚膜，如肺炎球菌，边界不明显的称为粘液层(slimelayer)，如葡萄球菌。
荚膜对细菌的生存具有重要意义，细菌不仅可利用荚膜抵御不良环境;保护自身不受白细胞吞噬;而且能有选择地粘附到特定细胞的表面上，表现出对靶细胞的专一攻击能力。例如，伤寒沙门杆菌能专一性地侵犯肠道淋巴组织。细菌荚膜的纤丝还能把细菌分泌的消化酶贮存起来，以备攻击靶细胞之需。
鞭毛是某些细菌的运动器官，由一种称为鞭毛蛋白(flagellin)的弹性蛋白构成，结构上不同于真核生物的鞭毛。细菌可以通过调整鞭毛旋转的方向(顺时针和逆时针)来改变运动状态。
菌毛是菌体表面极其细的蛋白纤维，须用电镜观察，特点是:细、短、直、硬、多。菌毛与细菌运动无关，根据形态、结构和功能，可分为普通菌毛和性菌毛两类。前者与细菌吸附和侵染宿主有关，后者为中空管子，与传递遗传物质有关。
