蜂巢蜜的保质期一般是18个月或者2年。其实蜂巢蜜在保存良好的情况下，可以保存很长时间，甚至超过保质期。蜂巢蜜是经蜜蜂酿制成熟并封上蜡盖的蜜脾，由蜂巢和蜂蜜两部分组成，其中的蜂蜜含有酸性物质和高浓度糖类物质，这些物质产生的渗透压可以抑制细菌的滋生，有一定的杀菌作用，进而有利于保存。
成熟的蜂巢蜜含水量低于20%，也保证了保存时间。不过有些时候还是可以看到蜂巢蜜变质，这可能由于保存不当。当蜂巢蜜中的水分含量超过21%时，就为酵母菌的生存提供了有利条件，条件适宜的时候酵母菌会在蜂巢蜜中大量的生长繁殖，不断分解蜂巢蜜中的葡萄糖和果糖，产生了酒精和二氧化碳，于是蜂巢蜜出现变质现象。
