1、地窖保存
百合籽可以放在地窖中保存，地窖中的空气稀少，且温度比室外温度低，有利于减少植株的有氧呼吸，避免养分过度消耗，能使百合籽保存得更久，至少可以保存三个月。
2、泥土保存
泥土保存百合籽前，需要将植株用塑料袋装好，然后把塑料袋里面的空气除尽，并放进一个坚实的盒子内，再把盒子埋入土壤中，注意盒子必须坚实防水，否则盒子腐烂就会影响百合籽的保存效果。
3、低温保存
将百合籽晾干后，放在低温环境下保存，注意保存前用报纸将其包裹起来，然后放在冰箱中冷藏，注意温度控制在零到五度之间，避免温度过低，影响百合籽后期的播种育苗。
